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文化審議会著作権分科会法制問題小委員会(第３回)資料３:書籍・雑誌 ...
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http://www.mext.go.jp/b_menu/shingi/bunka/gijiroku/013/03100301/005/001.htm

perlでアップローダを作ったのですが、クラックを受けている様なんです。
./up の配下にしかアップロード出来ない様にしたつもりが、その上のディレクトリに.htaccessやらindex.htmやらを設置されて困っています。

ソース：
http://showizh.cool.ne.jp/cgitest/uploader.txt

ログが残る様にしたのですが、攻撃の際のログは記録されていません。（通常のアップに関してはちゃんと記録されます）
どこにセキュリティホールがあるんでしょうか？

サーバはレンタルのtok2proです。
http://q.hatena.ne.jp/1238516080

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平成１６年度特定調達物品調達実績とりまとめ表 | 農研機構
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http://www.naro.affrc.go.jp/raise/green/16bessi2.html